Zwischen 1939 und 1945 wurden ca. 10.000 Männer in das SS-Sonderlager/KZ Hinzert eingeliefert. Eine genauere Bestimmung der Häftlingszahl des Lagers ist wegen der schlechten Quellenlage bisher nicht möglich. In den Baracken des Lagers waren 560 Schlafplätze vorgesehen. Kamen gleichzeitig mehrere größere Häftlingstransporte in Hinzert an, wie während der großen Verhaftungswellen in Luxemburg im November 1941 und in Belgien, Frankreich sowie den Niederlanden, 1942 mussten sich zeitweise zwischen 1000 und 1200 Häftlinge in den Baracken zusammendrängen. Durchschnittlich befanden sich ab 1942 etwa 800 Häftlinge im Hinzerter Lager.
Eine besondere Häftlingsgruppe stellten die ehemaligen Fremdenlegionäre dar, die die französische Vichy-Regierung gemäß Artikel 19 des Waffenstillstandsabkommens von 1940 an das Deutsche Reich auszuliefern hatte. Diese ehemaligen Fremdenlegionäre deutscher Nationalität wurden vom Auslieferungslager in Fréjus über Chalon-sur-Saone nach Hinzert deportiert. Zwischen Juni 1941 und Ende 1942 waren über 800 ehemalige Mitglieder der französischen Fremdenlegion in Hinzert inhaftiert. Aussagen luxemburgischer Zeitzeugen zufolge waren diese Fremdenlegionäre von den anderen Häftlingen getrennt und in eigenen Baracken untergebracht. Sie wurden, falls ihre Überprüfung die „Wehrwürdigkeit“ feststellte, in die Wehrmacht übernommen oder aber in andere Haftanstalten, z. B. in die Gefängnisse von Bruchsal oder Kislau, gebracht.
Die erste größere Gruppe ausländischer Gefangener waren Widerstandskämpfer aus dem besetzten Großherzogtum Luxemburg. In größerem Umfang begannen die Verschleppungen im November 1941. Das SS-Sonderlager Hinzert wurde bis 1945 die zentrale Haftstätte für luxemburgische Gegner der deutschen Beatzung und wurde für viele der Ausgangspunkt zur Deportation in andere Haftstätten und Konzentrationslager.
Zwischen 1942 und 1944 fungierte das SS-Sonderlager/KZ Hinzert als Aufnahme- und Testlager für die Überprüfung der „Eindeutschungsfähigkeit“ von zumeist polnischen Zwangsarbeitern, die wegen verbotenen Umgangs mit deutschen Frauen verhaftet worden waren. Von Mai 1943 an war das SS-Sonderlager ausschließlich für diese Fälle zuständig. Diese Männer bekamen wegen ihres „arischen“ Aussehens eine Chance zum Überleben, indem sie in Hinzert ihre „Eindeutschungsfähigkeit“ unter Beweis zu stellen hatten. Während diejenigen Zwangsarbeiter, die nach der NS-Rassenideologie slawischen Charakter hatten, oft zum Tode verurteilt wurden oder als so genannte „Facharbeiter“ für lange Zeit in Konzentrationslagern verschwinden sollten, wurden die „E-Polen“ (das E stand für „Eindeutschungsfähigkeit“) nach Hinzert deportiert. Sie kamen dort in der „Abteilung für Eindeutschungsfähige“ in eigene Stuben und wurden auch in besonderen „Polen-Kommandos“ eingesetzt. Das Rasse- und Siedlungshauptamt führte die „rassische“ Überprüfung durch. Wenn der Häftling als eindeutschungsfähig eingestuft wurde, konnten die Vorbereitungen für die Haftentlassung und die Heirat mit der deutschen Frau in die Wege geleitet werden. Diejenigen Häftlinge, deren Überprüfung negativ ausfiel, wurden in andere Konzentrationslager, meist in das im Elsass gelegene KZ Natzweiler, überstellt.
Eine besondere Funktion besaß das SS-Sonderlager/KZ Hinzert für die in Frankreich nach dem „Nacht- und Nebel“-Erlass (NN) vom 7. Dezember 1941 festgenommenen politischen Gefangenen. Der erste Transport von NN-Häftlingen aus Frankreich kam am 29. Mai 1942 in Hinzert an. Bis zum Oktober 1943 trafen aus Frankreich mindestens 40 NN-Transporte ein. Nach bisherigem Kenntnisstand waren über 2000 französische „Nacht- und Nebel“-Deportierte in Hinzert. Unter den NN-Gefangenen gab es auch niederländische, belgische und luxemburgische Widerstandskämpfer, die in Nordfrankreich aufgegriffen worden waren. Diese NN-Deportierten wurden von der Außenwelt völlig abgeschirmt und in eigenen Kommandos im Umfeld des Lagers zur Arbeit eingesetzt.
Eine weitere Häftlingsgruppe waren Zwangsarbeiter aus West- und Osteuropa, die aus unterschiedlichen Gründen nach Hinzert gebracht wurden. Hierzu liegen bislang aber nur sporadische Erkenntnisse vor: Bekannt sind Inhaftierungen in Hinzert z. B. wegen Fluchtversuchs vom Arbeitsplatz, auf Grund „mangelnden Arbeitseifers“, „Bummelantentums“ oder wegen verbotenen Konsums von Alkohol. Falls ein Zwangsarbeiter vor der Haft im Lager in der Landwirtschaft tätig war, wurde ihm nach seiner Haftentlassung ein anderer Arbeitsplatz zugeteilt. War ein Zwangsarbeiter vor seiner Haft in Hinzert in einem Industriebetrieb eingesetzt gewesen, musste er an dieselbe Arbeitsstelle zurück. Bei der Einlieferung in Arbeitserziehungslager waren in der Regel acht Wochen Haft üblich. Da das SS-Sonderlager Hinzert nicht nur die Funktion eines Arbeitserziehungslagers hatte, konnte schon bei der Einweisung eine Verlängerung der Haftdauer festgelegt werden.